A terre, Jin, Sawyer et Michael voient s’approcher l’un des individus menaçants, sur la plage. Jin crie, l’homme court, Sawyer se relève mais prend un coup de bâton en pleine tête. Puis Michael, puis Jin. Tous trois assommés, l’homme les traîne sur le sable. Ils sont quatre individus habillés de façon débraillée ; ils traînent les trois survivants à travers la jungle dans des filets. Puis ils les jettent dans un trou. Michael demande à l’homme où est son fils, mais il referme le trou avec une sorte de grille faite en bois. Dans l’écoutille, Desmond tire en l’air, c’est la scène de l’épisode dernier. Locke est menacé par l’arme de Desmond.

Flashback de Locke : il se trouve dans un salle de réunion pour personnes qui ont des problèmes avec leur parent. Locke semble s’ennuyer d’écouter les problèmes des autres, par rapport aux siens. Il en rit ; alors la psy lui demande de parler, lui qui ne dit rien depuis un mois. Il se décide enfin, un peu énervé : il raconte ce que son père lui a fait. Après la séance, Locke tente d’allumer une cigarette. Une femme du groupe l’aborde et ils sympathisent. Elle s’appelle Helen.

De retour dans l’écoutille, Jack demande où est Kate, Desmond lui ordonne de jeter son arme et menace John. Kate, quant à elle, quitte le tuyau d’aération et redescend dans une salle. Elle ouvre la porte et grâce à la lumière elle voit ce que la salle contient : des armes... Elle en prend une, la charge puis se dirige vers l’endroit où sont les 3 hommes. Elle assomme Desmond, un coup part dans sa chute. Locke dit Jack d’y aller doucement mais Jack est énervé. Desmond relève la tête et s’aperçoit que l’ordinateur a été touché par la balle perdue. Il s’affole, il dit qu’ils vont tous mourir, qu’il doit le réparer ; il leur explique que le minuteur est un compte à rebours et qu’il doit entrer un code toutes les 108 minutes. Jack demande ce qu’il se passerait si on ne le fait pas. Desmond ne répond pas. Jack le laisse aller vers l’ordinateur, il appuie en vain sur l’interrupteur. Locke regarde Jack fixement.

Flashback : Helen dort, à côté du lit, Locke se rhabille. Elle se réveille et lui demande où il va. Il répond qu’il n’aime pas dormir dans un autre lit que le sien. Elle semble un peu déçue. Il part. On retrouve John dans sa voiture, garée devant un grand portail, il boit un café et surveille. Soudain, quelqu’un entre dans sa voiture ; c’est son père. Il lui dit qu’il en a assez de le voir devant sa maison. Locke veut juste savoir pourquoi il a fait ça. Son père lui fait la leçon puis s’en va. John se met à pleurer.

De retour dans l’écoutille, Desmond fouille partout, alors que Locke voudrait que Kate baisse son arme. Kate dit que Sayid pourrait réparer l’ordinateur, alors Locke lui dit d’aller le chercher. Desmond indique où se trouve la porte. Kate part. Desmond a trouvé ce qu’il cherchait, une sorte de bocal. Kate ouvre la porte blindée et sort. Jack prend le bocal et demande, en échange, ce qu’il se passe, comment Desmond est arrivé là... Malgré le manque de temps, Desmond se résigne à raconter son histoire : 3 ans plus tôt, il faisait le tour du monde en solo, puis son bateau a échoué sur l’île, un certain Kelvin est venu et lui a dit de le suivre. En arrivant, la première chose que fit ce Kelvin fut d’enter le code car l’alarme sonnait. Desmond demanda ce que c’était. Et Kelvin lui répondit qu’il ne faisait que sauver le monde. Jack est incrédule.

Desmond explique qu’au bout d’un certain temps Kelvin est mort, et que depuis, il est seul. Jack rend le bocal. Le compteur en est à 84 minutes ; alors Desmond commence à réparer l’ordinateur. Pendant ce temps, Jack et Locke parle de tout cela : Jack ne croit pas en cette histoire de sauver le monde. Locke, lui, semble y croire. C’est alors que Desmond leur dit de regarder le film : une cassette se trouvant derrière un livre ("The Turn of the Screw") de la bibliothèque ; le projecteur étant dans le garde-manger. John va chercher le film. Le logo Dharma est sur la boîte, le film s’intitule "Orientation". Sur la plage, Hurley joue avec Vincent. Il voit Sayid et l’interpelle. Ils discutent un peu, quand soudain Kate surgit de la jungle en appelant Sayid. Elle réclame son aide.

Dans un autre coin de l’île, dans leur trou, Sawyer tente de tirer des informations à Jin, qui ne comprend pas. Il répond seulement "Others" ("les Autres"). Michael l’interroge à son tour sur Walt. Ils le questionnent tous les deux, et Jin leur fait comprendre qu’il avait les yeux bandés. Sawyer veut que les autres l’aident à monter. Mais la grille est maintenue lourdement. Soudain, une lame le fait retomber. L’homme du début ouvre, puis leur jette une femme inconsciente et blessée au visage. Dans l’écoutille, Jack et John prépare le visionnage du film et Jack demande ce qu’il s’est passé avant son arrivée. John répond que Kate était attachée et que Desmond lui avait pointé une arme dessus. Puis ils discutent sur la véracité de tout cela. John demande alors à Jack si c’est parce que Desmond l’a reconnu qu’il est énervé à ce point. Puis ils visionnent le film. Sur un fond noir on voit apparaître :

"The Dharma Initiative - 3 of 6 - Orientation"

Puis le logo Dharma. Un homme en blouse blanche se présente : Dr Marvin Candle ; il présente le Dharma Initiative : créé en 1970, réalisé par Karen et Gerald DeGroot, c’est un grand centre de recherches en communauté. Les recherches effectuées se font dans le domaine de la météorologie, de la psychologie, de la parapsychologie, de la zoologie, de l’électromagnétisme et de l’utopie sociale. Le tout aidé financièrement par un certain Alvar Hanso. Le Dr Candle donne ensuite des instructions pour 2 personnes et pour 540 jours, à propos de la mission à accomplir dans la station 3 appelée le Cygne. Le Dr explique que cette station a d’abord été un laboratoire fiat pour étudier les fluctuations magnétiques de l’île. Mais quelques temps après le début de l’expérience, un incident survint ; il fallut alors entrer un code et appuyer sur un bouton toutes les 108 minutes. Locke semble intéressé, Jack s’ennuie. Une coupure dans le film, puis c’est la fin. Le film a été fait en 1980. Locke veut le revoir.

Flashback : au restaurant, Helen dépose un petit paquet cadeau sur la table pour leur 6 mois. Locke l’ouvre, c’est une clé. La clé de l’appartement d’Helen, John est touché. Helen émet juste une condition : s’il vient passer la nuit chez elle, il doit rester. Elle l’a suivi la nuit d’avant, alors qu’il allait devant chez son père. Elle veut qu’il arrête et tente de le raisonner et de l’aider. John accepte. Ils s’embrassent.

John se prépare à revisionner le film, Jack non. Dans le trou, la jeune femme se réveille et est apeurée. Elle demande qui ils sont Michael explique. Ils s’aperçoivent qu’ils étaient dans le même avion. La femme raconte son histoire depuis le crash. Michael lui demande si elle a vu son fils, elle répond que non, puis se présente : Ana Lucia. Sawyer se présente et présente ses compagnons. Sawyer sort son revolver et annonce que la prochaine fois que le type ouvrira la grille, il lui tirera dessus. Ana Lucia a l’air méfiante.

Desmond fait de la soudure, Jack l’interroge toujours. Il reste 50 minutes au compteur. Jack tente de le persuader que tout cela est faux, que la maladie n’existe pas, qu’on le garde effrayé à l’intérieur pour qu’il appuie sur le bouton, que c’est une expérience. Desmond rétorque qu’il n’en sait rien, mais qu’ils sont dans une station électro-magnétique, et que dans le doute... 49 minutes. Desmond s’apprête à remettre en marche l’ordinateur, il appuie sur l’interrupteur. Court-circuit. Tout s’éteint... Des lumières de secours s’allument. Desmond est affolé, John arrive en se demandant ce qu’il s’est passé. Desmond dit que c’est terminé. Il part préparer des affaires pour s’en aller et Locke essaie de le retenir. Jack voit une photo de Desmond avec une jeune fille. Desmond part, Locke veut toujours l’en empêcher. Jack sort pour le retrouver et laisse Locke seul. 47 minutes. 46 minutes. John s’énerve, fait tomber des outils, ils parle tout seul mais à quelqu’un, lui demande pourquoi tout ce passe comme cela, il demande ce qu’il est censé faire en criant.

Flashback, la nuit, Helen dort, John auprès d’elle, ne dort pas. Dans la salle de bain, il se rafraîchit le visage. On le retrouve, de nuit, devant le portail, dans sa voiture. Il boit un café. Une voiture arrive derrière et lui rentre dedans. C’est Helen. Elle sort de sa voiture, excédée. Elle prend les clés de Locke et les balance derrière la grille. Elle veut lui faire comprendre que tout cela est vain ; elle lui dit qu’il doit choisir entre elle et lui. Il ne peut pas. Elle le convainc en lui disant que c’est un acte de foi.

Dans la station, Locke pleure. Kate appelle Jack ; elle arrive avec Sayid et Hurley. Sayid demande ce qu’est cet endroit, Kate demande où est Jack. Locke demande de l’aide. Tous se mettent à l’œuvre pour réparer l’ordinateur et rétablir l’électricité. Hurley découvre la réserve de nourriture.

Dans le trou, Sawyer tente d’élaborer un plan pour sortir. Ana Lucia veut savoir où il a eu l’arme. Puis elle la lui prend par la force. Leur dit de reculer et appelle pour qu’on la fasse sortir. L’homme ouvre et lui lance une corde. Elle les tient en joue. L’homme lui demande qui ils sont. Dans la jungle, Desmond court et tombe. Jack est derrière lui et le tient aussi en joue. Desmond lui donne le code au cas où ils arrivent à réparer l’ordinateur. Jack dit que rien n’arrivera, très en colère. Là, Desmond le reconnaît pour de bon. Il lui demande ce qu’est devenue la fille qu’il devait soigner. Jack lui crie qu’il l’a épousée. Il pleure et Desmond lui demande s’il n’est plus marié avec elle. Jack fait non de la tête. Desmond reprend ses affaire, et s’en va en lui disant "A dans une autre vie !" Dans la station, Sayid explique que la carte-mère a été changée, que le transfo est grillé. Tout ce qu’il veut faire, c’est réparer l’ordinateur. Kate rallume la lumière. L’alarme sonne. Il reste moins de 4 minutes.

L’ordinateur est réparé. Locke se prépare à entrer le code, et tente de s’en souvenir. Hurley reconnaît les chiffres : les chiffres maudits et il tente d’arrêter John. Mais quand ce dernier se trompe au dernier (4 8 15 16 23 32), Hurley le laisse continuer. Au moment où John va appuyer sur Execute, Jack arrive et lui dit que ça n’est pas 32 mais 42. Hurley est résigné, Locke corrige-il reste 2’15"-, mais veut laisser Jack appuyer lui-même sur le bouton. Il dit qu’il doit le faire, Jack refuse car pour lui ce n’est pas réel ; Locke veut le persuader. 1’04". Une autre alarme retentit. La tension monte. Locke dit à Jack que c’est un acte de foi. 28", 27", 26"... Jack se dirige vers l’ordinateur. L’alarme accélère à 10", et à 1" Jack se décide à appuyer. Le compteur revient à 108’, John dit qu’il prend le prochain tour de garde, Jack s’en va. - 107’.

Fin de l’épisode.