Eko est originaire du Nigeria où il a grandi dans un petit village. Dans sa jeunesse, Eko a appris à enfreindre les règles pour survivre, fracturant le garde-manger du couvent pour nourrir son frère. Pris sur le fait par une religieuse, il refuse de se confesser, estimant que ce n’est pas un péché de donner à manger à quelqu’un qui a faim.

Sa vie fut changée lorsque des miliciens forcèrent Yemi à abattre un vieillard à bout portant. Eko prit l’arme des mains de son frère et tua lui même l’homme. Les miliciens emportèrent alors Eko avec eux après que leur chef ait dit à Eko qu’il est un tueur né et l’ait appelé "Monsieur" Eko, préfixe qu’il gardera par la suite. Au contact des miliciens, il devient un de leurs hommes de main, puis prend la tête de leur groupe pour devenir un baron de la drogue au Nigeria.

Eko était un homme respecté par ses hommes et craint par ses adversaires qu’il n’hésitait pas à abattre froidement pour montrer sa détermination. Eko comprit qu’il pourrait tirer parti des convois humanitaires pour faire circuler sa drogue. Il reprend donc contact avec son frère devenu prêtre et le force à l’aider à transporter sa cargaison par avion. Yemi est tué lors de l’arrivée de soldats, Eko parvient à hisser le corps de son frère dans l’avion avant que ses complices le trahissent et l’abandonnent sur le tarmac où les soldats le prennent pour un prêtre.

Choqué par la mort de son frère, Eko décide d’abandonner sa vie de trafiquant pour prendre la place de Yemi en tant que prêtre. Il découvre alors que son frère donnait 80% des vaccins de l’aide humanitaire à des miliciens en échange de leur clémence. Eko refuse de céder à ce chantage et massacre les miliciens dans l’église. Le lendemain le villageois condamnent le bâtiment, considérant qu’il n’est plus sacré.

Eko va alors quitter le Nigeria pour exercer la fonction de prêtre à Londres, puis en Australie où il est chargé d’enquêter sur la possible résurrection de la fille de Richard Malkin (le voyant rencontré par Claire dans la saison 1). Eko conclut à une supercherie mais la jeune fille lui confie un message d’outre-tombe de la part de son frère. Ceci a lieu juste avant le départ du vol 815.

Sur l’île, Eko est dans le groupe de la queue de l’appareil. Il tue deux Autres dès la première nuit et en guise de pénitence décide de ne plus parler pendant 40 jours. Il gagne la confiance d’Ana Lucia et l’aide à mener le petit groupe. Lorsque les deux groupes de survivants se rejoignent, il empêche Sayid de tuer Ana Lucia.

Après avoir appris l’existence de statuettes contenant de l’héroïne, Eko se fait conduire par Charlie jusqu’au beechcraft dans lequel il retrouve le cadavre de son frère. En chemin il rencontre une première fois la fumée noire à laquelle il fait face sans broncher. Le monstre repart sans avoir tenté de l’attaquer.

Eko passe ses journées au campement à construire une église, en remplacement de celle qu’il a souillée en y massacrant les trafiquants. A la demande de Claire il baptise Aaron.

A la suite d’un rêve dans lequel Yemi lui apparait, et alors qu’il n’a jamais manifesté aucun intérêt pour le protocole des 108 minutes, Eko abandonne la construction de l’église et s’installe dans le bunker pour appuyer sur le bouton. Locke qui a perdu la foi parvint à l’en empêcher. Eko subit de plein fouet le "system failure" et se retrouve entrainé dans une caverne par un ours polaire, dans laquelle Locke vient le chercher.

Affaibli, il parvient tout de même à suivre les visions de son frère à travers la forêt. Il est tué par la fumée noire après avoir refusé de se confesser.