Plus que Benjamin Linus ou Charles Widmore, Anthony Cooper est le personnage le plus détestable de toute la série. Père biologique de John Locke, il détruira non seulement la vie de son fils mais également celle d’un autre naufragé du vol 815.

Anthony Cooper est un arnaqueur. Sa première incursion dans l’univers de LOST a lieu bien avant le début de l’histoire. Alors qu’il est encore jeune, il séduit Emily Anabeth Locke, profite de son argent puis l’abandonne en la laissant enceinte. Elle donnera naissance quelques moi plus tard à John Locke avant de l’abandonner à son tour.

Plus de vingt-cinq ans avant le crash, sous le pseudonyme de Tom Sawyer, il charme une fois de plus une jeune femme et lui soutire de l’argent avant de l’abandonner. Le mari de cette femme se suicide après avoir abattu son épouse, laissant orphelin son fils de 8 ans, James Ford.

On sait ensuite qu’il a poursuivi sa vie d’arnaqueur, empruntant différents noms tels Adam Seward, Ted MacLaren ou Louis Jackson.

Plusieurs années plus tard, il retrouve John Locke par l’intermédiaire d’Emily car il a besoin d’un donneur de rein compatible. Après avoir gagné sa confiance, il fait en sorte que John lui propose de lui donner son rein et disparait une fois la greffe effectuée. Locke retrouve à son tour son père et passe ses journées dans sa voiture devant chez lui, souhaitant avoir des explications. Cooper lui explique froidement qu’il s’est fait avoir, qu’il n’est pas le premier et qu’il faut qu’il s’en remette.

Puis il disparait à nouveau, jusqu’à ce que Locke apprenne sa mort. Celle-ci n’est en fait qu’une mise en scène de Cooper pour attirer à nouveau son fils. Il est poursuivi par un dénommé Jimmy Bane a qui il a volé 700 000 dollars. Il demande à John de les récupérer pour lui et lui dit qu’il lui en laissera une partie pour le dédommager de ce qu’il lui a déjà fait subir. Pour une fois Cooper semble tenir parole, mais Ellen, l’amie de Locke les surprend. John lui avait assuré qu’il ne chercherait pas à revoir son père, elle le quitte alors qu’il la demande en mariage pour la retenir. Pour la seconde fois, Anthony Cooper a brisé la vie de son fils.

Il pense lui même ne plus jamais avoir affaire à John, mais c’est sans compter le fils de sa nouvelle victime qui, trouvant son comportement suspect, a mené une enquête sur lui, qui l’a conduite jusqu’à John. Malgré ce que cela lui coûte, Locke demande à son père de laisser cette pauvre femme tranquille et de ne pas l’épouser. Cooper accepte mais le fils qui a prévenue Locke est retrouvé mort peu après.

John, persuadé que son père est maintenant un meurtrier se rend chez ce dernier pour lui demander de rendre des comptes. Cooper, par peur d’être dénoncé et sans doute par mépris pour son fils, le pousse à travers une vitre du huitième étage avant de s’enfuir au Mexique.

Il sera rattrapé par le destin trois ans plus tard. Alors qu’il est au volant de sa voiture à Tallahassee, il est percuté par l’arrière et perd connaissance. Lorsqu’il se réveille il est attaché et bailloné, sur l’île.

Ben a visiblement fait venir Cooper sur l’île pour montrer aux Autres que Locke est incapable de tuer celui qui l’a tant fait souffrir, et donc de se libérer de son passé, condition sine qua none pour rejoindre leur communauté. Comble du mépris, Anthony Cooper, attaché à un totem, dit lui même à son fils qu’il n’aura pas le cran de le tuer.

Désemparé, Locke fini par trouver une solution avec l’aide de Richard qui lui apprend que Sawyer n’est autre que le petit James Ford dont les parents sont morts par la faute de Cooper. John trompe donc Sawyer en lui faisant croire qu’il lui livre Ben, et l’enferme dans le Black Rock avec Cooper. Au fil de la discussion qui s’installe entre les deux hommes qui ne se sont pas reconnus, Anthony Cooper, sûr de lui et persuadé qu’il est déjà mort et en enfer, crache tout son mépris envers son fils et finit par révéler qui il est.

Sawyer comprend qu’il est face à celui qu’il a passé sa vie à chercher. Il le force à lire la lettre qu’il a écrit, enfant, à l’attention du meurtrier de ses parents. Cooper comprend à son tour et se moque de cet homme qui a passé sa vie à lui courir après sans qu’il s’en rend compte. Il meurt quelques instants plus tard étranglé par Sawyer avec une chaîne.